建物を新築した場合必要な登記は下記のとおりです。
①土地家屋調査士による建物表題登記②司法書士による所有権保存登記(登記識別情報通知いわゆる権利証を発行する手続き)③司法書士による抵当権設定登記(融資を受けた場合に必要になります)
立会時に説明を聞いて境界の位置に納得されればご署名・捺印をして差し上げて下さい。納得がいかなければ立会者に理由を話しご自身が納得されるまで話し合いを続けることが望ましいと思います。
売主と買主の合意が得られれば登記簿面積での売買も可能ですが、後のトラブル防止の為にも境界確定測量をご推奨致します。